Det første tegn på krigen fikk Krokenbeboerne da tyske fallskjermhoppere hoppet ut over Stakkevollan.
Ingen hus ble ødelagt i Kroken under krigen, men tyskerne drev øvelsesskyting mot torvsjåene, og flere ble skutt i stykker.
Bensinlagre
På Tomasjordnes var et større anlegg med grovkalibra våpen. Dessuten var det kanonbatteri på Grøtsund. Av den grunn bygde tyskerne vei til Tønsnes. Flere steder nordover i Kroken ble det lagt bensinlagre, og på grunn av bensinlagrene ble det satt opp sperringer. Når man kom til sperrebommen, var det tyske soldater på vakt, og man måtte vise pass for å komme gjennom. Bare for å gå i nabogården måtte man vise passerseddel, og skulle man til byen, kunne det være riktig brysomt. Da måtte man vise passerseddel 3 – 4 ganger.
I Kroken var det 150 tyskere, og tyskerne hadde et luftvernbatteri med 5 – 6 kanoner på Krokøra ved Løvold. Tyskerne bygde brakker langs nordsiden av elva fra veien og ned til sjøen. Sivilbefolkningen kunne ikke gå gjennom tyskernes område.
Russefanger
Omtrent der B. A. Løvold er nå, var et område som var inngjerdet med piggtråd. Krokenbeboerne visste ikke hva som befant seg innenfor gjerdet, men noen mente at det til tider var russefanger der. Det folk så, var at tyskerne kom marsjerende med russefanger til Løvold. Fangene lastet sand og slikt som tyskerne hadde bruk for. De var magre og gikk lørvete kledd. Folk prøvde å lure brød og sild over gjerdet til dem når de hadde pause, men det ble som oftest oppdaget, og Krokenbeboerne ble jaget derfra. Fangene fikk så lite mat at de spiste søppel. Blant annet spiste de rått fiskeavfall lagt ut til sauene.
Bjørkeskogen i Kroken
Den beste bjørkeskogen i Kroken var på begge sider av Krokelva. Tyskerne hogde den vekk for at ikke fienden skulle kunne gjemme seg der. Jorda i Kroken er så karrig at den skogen er aldri blitt slik som den var.
Tyskerne drev en del øvelsesskyting fra Tomasjordnes. Folk i Kroken kunne se granatene når de skjøt. Når det skulle skytes nordover, kom tyskerne og ga Krokenbeboerne ordre om å komme seg vekk, og da ble det rene folkevandringen mot Movika. Skytinga kunne pågå noen timer.
Folk brukte fremdeles båt for å komme seg til byen og handle, men nå var det motor i mange av båtene. Trafikken på veien til byen var for det meste store tyske lastebiler. Enda i 50 – 60 årene var båt det vanligste. Melkebåten gikk under krigen også.
Tirpitz
Tirpitz ble senka 12.11.1944 av britiske bombefly i sundet vest for Tromsøya. Over 1000 mann omkom. Tirpitz var et tysk slagskip, og det hadde bl.a. deltatt i senkning av 21 handelsskip i 1942.
Folk i Kroken måtte gå ned i potetkjellerne under beskytningen. Kjellerne var dårlige, men de ga litt beskyttelse. Da de britiske flyene nærmet seg, startet luftvernet på Skattøra opp. Mange granatsplinter falt ned i Kroken. Tirpitz lot seg ikke ta godvillig. Skipet skjøt tilbake med alt det hadde, bl.a. de åtte kjempestore kanonene.. Nedfall fra granatene til Tirpitz merket man i Kroken. Det var et veldig rammel, og lufttrykket fikk husene til å riste. Slaget om Tirpitz varte ca. en halv time.
Radio
Det var ikke lov ha radio under krigen. Krokenbeboerne fikk beskjed om å møte opp på brygga hos Karlsen (Favør) for å levere radioene. Det var streng straff for å beholde et apparat, men en Krokenbeboer hadde radio under krigen. Den var gjemt i veggen, og dette var en hemmelighet for alle i Kroken. Når han hadde hørt nytt fra London, lot han det sive ut som et rykte slik at folk hørte rykter som de ikke visste hvor kom fra. Nyhetene var nærmest som en medisin. Man trodde alltid at neste år ville krigen slutte. Tyskerne dro rundt med peileutstyr for å finne ulovlige apparater, men Kroken-apparatet ble ikke funnet.
Krigsminnesmerke
En fredagskveld i oktober 1943 kom tyskere til Kroken for å gjøre alt klart til eksekusjonen som skulle foretas dagen etter. De gikk opp i skogen og kastet opp ei fellesgrav et stykke ovenfor et stykke ovenfor der hvor Krokelvdal skole er nå. Lørdag morgen ble åtte personer stilt opp mot grava og skutt. De henrettede hadde vært lenge i en fangeleir på Krøkebærsletta. Her var de blitt torturert før de ble skutt. De som ble henrettet var:
Ottar Jørgensen, 19 år, Årviksand. Johan Rotvåg, 35 år, Rotvåg. Otto Rotvåg, 66 år, Rotvåg. Øyvind Larsen, 47 år, Tromsdalen. Helmer Albrigtsen, 25 år, Nord-Rekvik. Edelsten Johansen, 22 år, Nord-Rekvik. Håkon Jørgensen. Johan Hammer.
Etter krigen ble likene flyttet til kirkegården i Tromsdalen. Området der de ble skutt, ble inngjerdet etterat likene ble flyttet, slik at området ikke skulle bli bebygd.
Fred
Siste krigsåret bli det dårlig med mat for tyskerne også. De sultet ikke, men det var knapt. Mange gikk rundt på gårdene og kjøpte melk. Noen ble også innkvartert på gårdene, og tok i bruk de rommen de trengte. Noen tyskere prøvde også å fiske. De slappet av på vaktholdet år det gjaldt russefangen, så det ble lettere å skaffe dem mat. Enkelte i Kroken mente at tyskerne i grunnen var lettet da krigen var slutt.